Б1.В.ОД.12 Большой практикум

Вопросы для самоподготовки к зачету по дисциплине Б1.В.ОД.12 Большой практикум

1. Основные правила работы в биохимической лаборатории.
2. Правила работы на приборах и соблюдение техники безопасности.
3. Основные правила, которые нужно соблюдать при выделении белков.
4. Процедура выделения суммарного белка из растительных тканей.
5. Осаждение белков органическими растворителями.
6. Принцип электрофоретического анализа белковых смесей и его возможности.
7. Для каких целей используется нативный электрофорез белков?
8. Какие методы используют для определения содержания белка в растворе?
9. Как можно контролировать содержание белка в неразделенных смесях?
10. Назовите три  хроматографических метода, наиболее часто применяющихся для очистки белков.
11. Типичная схема очистки гипотетического белка.
12. Какие свойства белков используют для разделения белков путем осаждения?
13. Назовите факторы, стабилизирующие ферменты.
14. Измерение активности ферментов с помощью периодических методов.
15. Измерение активности ферментов с помощью непрерывных методов.
16. Электрофорез в ПААГе в денатурирующих условиях.
17. Анионные детергенты.
18. Подготовка разделяющего и формирующего гелей для электрофореза в ПААГе с ДДС-Na: состав и принцип полимеризации.
19. Окрашивание и отмывка гелей после электрофореза белков.
20. Определение молекулярных масс полипептидов.
21. Принцип и назначение блоттинга, виды блоттинга, иммуноблоттинг.
22. Носители, используемые для переноса фракционированных белков, первичные и вторичные антитела.
23. Особенности структурной организации растительных митохондрий и их функционирования.
24. Методические трудности, возникающие при изоляции митохондрий из растений; методы разрушения растительных тканей.
25. Условия проведения процедуры выделения митохондрий и компоненты, необходимые для приготовления сред для гомогенизации растительных тканей и инкубации митохондрий;
26. Использование дифференциального центрифугирования для разделения гомогената на ряд фракций.
27. Этапы процедуры выделения митохондрий из растительных тканей.
28. Метод очистки растительных митохондрий с помощью центрифугирования в градиенте плотности, характеристика соединений, используемых для приготовления градиента плотности. Понятие непрерывного и линейного (прерывистого, ступенчатого) градиентов.
29. Различия в способах очистки митохондрий из этиолированных и фотосинтезирующих тканей.
30. Принцип полярографического метода определения окислительной активности клеточных органелл. Преимущества этого метода по сравнению с другими способами измерения концентрации кислорода.
31. Схема полярографической установки для определения кислорода.
32. Понятие о метаболических состояниях митохондрий.
33. Ингибиторы окислительного фосфорилирования.
34. Дайте описание основных способов разрушения тканей при выделении нуклеиновых кислот.
35. Назовите основные органические соединения, традиционно используемые при экстракции геномной ДНК.
36. Какой вид ДНК позволяет получить в очищенном виде метод щелочной экстракции?
37. Какая физическая форма плазмидной ДНК преобладает в случае получения препарата плазмиды высокого качества?
38. Спектрофотометрические методы оценки чистоты препаратов ДНК и РНК.
39. Электрофоретические методы анализа ДНК и РНК. Электрофоретические маркеры, используемые в этих методах.
40. Основные правила, используемые при выделении, очистке и манипуляциях с нуклеиновыми кислотами.
41. Выделение и очистка какой из двух типов нуклеиновых кислот требует соблюдения особых мер предосторожности.
42. Ингибиторы нуклеаз, используемые при выделении и очистке нуклеиновых кислот.
43. Способы элюции с геля отдельных электрофоретических фракций ДНК.
44. Для электрофоретического анализа ДНК используют как полиакриламидный, так и агарозный гель. С использованием какого из гелей обычно анализируют плазмидную ДНК?

 

Литература

а) основная литература

1. Принципы и методы биохимии и молекулярной биологии [Электронный ресурс] —2-е изд. (эл.). [Электронный ресурс] / К. Уилсон, Дж. ред. Уолкер. - Москва : БИНОМ. Лаборатория знаний, 2015. - 855 с. : ил. - Режим доступа: ЭБС "Айбукс". - Неогранич. доступ. - ISBN 978-5-9963-2877-2 : Б. ц.
2. Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений [Текст] : научное издание / ред.: Вл. В. Кузнецов, В. В. Кузнецов, Г. А. Романов. - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2012. - 487 с. : ил. ; 25 см. - (Методы в биологии). - Библиогр. в конце ст. - ISBN 978-5-9963-0738-8. (2 экз.).
3. Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений [Электронный ресурс] : научное издание. - ЭВК. - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2012. - (Методы в биологии). - Режим доступа: ЭЧЗ "Библиотех". - 20 доступов. - ISBN 978-5-9963-0978-8.

4. Большой практикум по биохимии [Текст] : учеб.-метод. пособие / О. И. Грабельных [и др.] ; рец.: А. А. Батраева, Л. А. Ломоватская ; Иркут. гос. ун-т, Биол.-почв. фак. - Иркутск : Изд-во ИГУ, 2015. - 167 с. ; 20 см. - ISBN 978-5-9624-1301-3. (10 экз.).

5. Биохимия [Электронный ресурс] : учеб. для академ. бакалавриата : для студ. вузов, обуч. по направл. 655500 "Биотехнология" / В. П. Комов. - 4-е изд., испр. и доп. - ЭВК. - М. : Юрайт, 2014. - 640 с. - (Бакалавр. Академический курс). - Режим доступа: ЭЧЗ "Библиотех". - Неогранич. доступ. - ISBN 978-5-9916-3929-3.

 

б) дополнительная литература

1. Биохимия [Текст] : учебник / В. П. Комов, В. Н. Шведова. - 3-е изд., стер. - М. : Дрофа, 2008. - 639 с. ; 24 см. - (Высшее образование: Современный учебник). - Предм. указ.: с. 620-630. - ISBN 978-5-358-04872-0. (50 экз.).
2. Биохимия растений [Текст] : учебник / Г. -В. Хелдт ; пер. с англ. М. А. Брейгиной [и др.] ; ред.: А. М. Носов, В. В. Чуб. - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2011. - 471 с. : ил. ; 26 см. - (Лучший зарубежный учебник). - Библиогр. в конце ст. - Указ.: с. 464-471. - Пер. изд. : Plant biochemistry / Hans-Walter Heldt. - 2005. - ISBN 978-5-94774-795-9. (3 экз.).
3. Основы лабораторной работы с нуклеиновыми кислотами [Текст] : учеб. пособие / Н. И. Рекославская, Р. К. Саляев ; рец.: В. П. Саловарова, Л. А. Ломоватская ; Иркут. гос. ун-т, СО РАН, Иркут. науч. центр, Сиб. ин-т физиологии и биохимии растений. - Иркутск : Изд-во ИГУ, 2012. - 186 с. : ил. ; 21 см. - Библиогр.: с. 184-186. - ISBN 978-5-9624-0642-8. (43 экз.).
4. Практическая энзимология [Текст] : [учебник] / Х. Биссвангер ; пер. с англ. Т. П. Мосолова ; авт. предисл. А. В. Левашов. - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2013. - 328 с. : ил. ; 22 см. - (Методы в биологии). - Предм. указ.: с. 322-328. - Пер. изд. : Practical Enzymology / Hans Bisswanger. - ISBN 978-5-94774-940-3. (3 экз.).
5. Биотехнология растений: культура клеток / Ред. Р. Г. Бутенко. - М. : Агропромиздат, 1989. - 280 с.
6. Биохимия [Текст] : учебник / В. П. Комов, В. Н. Шведова. - 3-е изд., стер. - М. : Дрофа, 2008. - 639 с. ; 24 см. - (Высшее образование: Современный учебник). - Предм. указ.: с. 620-630. - ISBN 978-5-358-04872-0. (50 экз.).
7. Биохимия [Электронный ресурс] : учеб. для академ. бакалавриата : для студ. вузов, обуч. по направл. 655500 "Биотехнология" / В. П. Комов. - 4-е изд., испр. и доп. - ЭВК. - М. : Юрайт, 2014. - 640 с. - (Бакалавр. Академический курс). - Режим доступа: ЭЧЗ "Библиотех". - Неогранич. доступ. - ISBN 978-5-9916-3929-3.
8. Биохимия растений [Текст] : учебник / Г. -В. Хелдт ; пер. с англ. М. А. Брейгиной [и др.] ; ред.: А. М. Носов, В. В. Чуб. - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2011. - 471 с. : ил. ; 26 см. - (Лучший зарубежный учебник). - Библиогр. в конце ст. - Указ.: с. 464-471. - Пер. изд. : Plant biochemistry / Hans-Walter Heldt. - 2005. - ISBN 978-5-94774-795-9. (3 экз.).
9. Биохимия растений [Электронный ресурс] : учебник / Г. -В. Хелдт. - Москва : Бином. Лаборатория знаний, 2014. - 471 с. : цв. ил. ; 26. - (Лучший зарубежный учебник). - Режим доступа: ЭБС "Издательство "Лань". - Неогранич. доступ. - Библиогр. в конце гл. - Указ.: с. 464-471. - Пер. изд. : Plant biochemistry / Heldt, . - ISBN 978-5-9963-1302-0.
10. Биссвангер Х. Практическая энзимология / Х. Биссвангер ; пер. с англ. – М. : БИНОМ. Лаборатория знаний, 2012. – 328 с.
11. Большой практикум по биохимии [Текст] : учеб.-метод. пособие / О. И. Грабельных [и др.] ; рец.: А. А. Батраева, Л. А. Ломоватская ; Иркут. гос. ун-т, Биол.-почв. фак. - Иркутск : Изд-во ИГУ, 2015. - 167 с. ; 20 см. - ISBN 978-5-9624-1301-3. (10 экз.).
12. Булгаков В. П. Культуры трансформированных клеток растений как новый источник получения продуктов вторичного метаболизма / В. П. Булгаков, Ю. Н. Журавлев // Успехи современной биологии. - 1992. - Т. 112, Вып. 3. - C. 342-350.
13. Бутенко Р. Г. Культура изолированных тканей и физиология морфогенеза растений / Р. Г. Бутенко. - М. : Наука, 1964. - 272 с.
14. Бутенко Р. К. Биология клеток высших растений in vitro и биотехнология на их основе. Учебное пособие / Р. К. Бутенко. - Изд-во «ФБК-ПРЕСС», 1999. - 160 с.
15. Войников В. К. К вопросу о выделении интактных растительных митохондрий / В. К. Войников // Известия Сибирского Отделения Академии наук СССР. Серия биологических наук. - 1980. - Вып. 2. - С. 121 –126.
16. Генная инженерия растений / Ред. Дж. Дрейпер, Р. Скотт, Ф. Армитидж. - М. : Мир, 1991. - 408 с.
17. Глик Б. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение. 2-е изд. / Б. Глик, Дж. Пастернак ; под ред. Н. К. Янковского. – М. : Мир, 2002. - 589 с.
18. Дэвидсон Дж. Биохимия нуклеиновых кислот / Дж. Дэвидсон ; под ред. А. А. Баева. -М. : Мир, 1976. - 412 с.
19. Жимулёв И. Ф. Общая и молекулярная генетика. 2-е изд. / И. Ф. Жимулёв ; отв. ред. Е. С. Беляева, А. П. Акифьев. – Новосибирск : Сибирское Университетское издание, 2003. - 480 с.
20. Зеленский М. И. Полярографическое определение кислорода в исследованиях по фотосинтезу и дыханию / М. И. Зеленский. - Л. : Наука, 1986. - 140 с.
21. Клонирование ДНК. Методы / Ред. Гловер Д. - М. : Мир, 1988. - С. 338-339.
22. Кнорре Д. Г. Биологическая химия. 3-е изд. / Д. Г. Кнорре, С. Д. Мызина. - М.: Высшая школа, 2000. - 480 с.
23. Коничев А.С. Молекулярная биология / А. С. Коничев, Г. А. Севостьянова. - М. : Академия, 2005. - 400 с.
24. Корнберг А. Синтез белка / А. Корнберг ; под ред. Г. П. Георгиева. - М. : Мир, 1977. - 360 с.
25. Лутова Л. А. Биотехнология высших растений / Л. А. Лутова. - СПб. : Изд-во СПб. Университета, 2002. - 227 с.
26. Маниатис Т. Молекулярное клонирование / Т. Маниатис, Э. Фрич, Дж. Сэмбрук. - М. : Мир, 1984. - 480 с.
27. Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений [Текст] : научное издание / ред.: Вл. В. Кузнецов, В. В. Кузнецов, Г. А. Романов. - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2012. - 487 с. : ил. ; 25 см. - (Методы в биологии). - Библиогр. в конце ст. - ISBN 978-5-9963-0738-8. (2 экз.).
28. Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений [Электронный ресурс] : научное издание. - ЭВК. - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2012. - (Методы в биологии). - Режим доступа: ЭЧЗ "Библиотех". - 20 доступов. - ISBN 978-5-9963-0978-8.
29. Нельсон Д., Кокс М. Основы биохимии Ленинджера: в 3-х т. Т.1. - М.: БИНОМ. Лаборатория знания, 2011. - 694 с.
30. Носов А. М. Культура клеток высших растений – уникальная система, модель, инструмент / А. М. Носов // Физиология растений. - 1999. - Т. 46, № 6. - C. 837-844.
31. Основы лабораторной работы с нуклеиновыми кислотами [Текст] : учеб. пособие / Н. И. Рекославская, Р. К. Саляев ; рец.: В. П. Саловарова, Л. А. Ломоватская ; Иркут. гос. ун-т, СО РАН, Иркут. науч. центр, Сиб. ин-т физиологии и биохимии растений. - Иркутск : Изд-во ИГУ, 2012. - 186 с. : ил. ; 21 см. - Библиогр.: с. 184-186. - ISBN 978-5-9624-0642-8. (43 экз.).
32. Остерман Л. А. Методы исследования белков и нуклеиновых кислот: Электрофорез и ультрацентрифугирование (практическое пособие) / Л. А. Остерман. - М.: Наука, 1981. - 288 с.
33. Остерман Л. А. Хроматография белков и нуклеиновых кислот / Л. А. Остерман. - М.: Наука, 1985. - 536 с.
34. Патрушев Л. И. Искусственные генетические системы. Т.1. Генная и белковая инженерия / Л. И. Патрушев. - М. : Наука, 2004. - 526 с.
35. Патрушев Л. И. Экспрессия генов / Л. И. Патрушев. - М. : Наука, 2000. - 527 с.
36. Пирузян Э. С. Основы генетической инженерии растений / Э. С. Пирузян. – М. : Наука, 1988. – 304 с.
37. Пирузян Э. С. Плазмиды агробактерий и генетическая инженерия растений / Э.С. Пирузян, В. М. Андрианов. – М. : Наука, 1985. – 280 с.
38. Побежимова Т.П. Методы изучения митохондрий растений. Полярография и электрофорез / Т. П. Побежимова, А. В. Колесниченко, О. И. Грабельных ; отв. ред. Р.К. Саляев. – Москва: ООО « НПК «Промэкобезопасность», 2004. - 98 с.
39. Практикум по биохимии / Под ред. С.Е. Северина, Г.А. Соловьевой. – М.: МГУ, 1989. – 509 с.
40. Практическая энзимология [Текст] : [учебник] / Х. Биссвангер ; пер. с англ. Т. П. Мосолова ; авт. предисл. А. В. Левашов. - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2013. - 328 с. : ил. ; 22 см. - (Методы в биологии). - Предм. указ.: с. 322-328. - Пер. изд. : Practical Enzymology / Hans Bisswanger. - ISBN 978-5-94774-940-3. (3 экз.).
41. Принципы и методы биохимии и молекулярной биологии [Электронный ресурс] / К. Уилсон, Дж Уолкер. - Москва : Бином. Лаборатория знаний, 2013. - 848 с. - (Методы в биологии). - Режим доступа: ЭБС "Издательство "Лань". - Неогранич. доступ. - ISBN 978-5-9963-2126-1.
42. Руководство по изучению биологического окисления полярографическим методом. - М. : Наука, 1973. - 222 с.
43. Рыбчин В. Н. Основы генетической инженерии / В. Н. Рыбчин. - СПб. : Издательство СПбГТУ, 2002. – 517 с.
44. Свердлов Е. Д. Взгляд на жизнь через окно генома: в 3 т. Курс лекций. Т. 1 Очерки структурной молекулярной генетики / Е. Д. Свердлов ; Ин-т молекуляр. генетики РАН. – М. : Наука, 2009. – 525 с.
45. Семихатова О. А. Физиология дыхания растений: Учеб. пособие. / О. А. Семихатова, Т. В. Чиркова - СПб. : Изд-во С.-Петерб. ун-та, 2001. – 224 с.
46. Сердюк И. Н. Методы в молекулярной биофизике: структура, функция, динамика: учебное пособие. В 2 тт. / И. Сердюк, Н. Заккаи, Дж. Заккаи ; науч. ред. И. Сердюк. – М. : КДУ, 2010.
47. Скоупс Р. Методы очистки белков / Р. Скоупс ; пер. с англ. - М. : Мир, 1985. - 358 с.
48. Справочник биохимика. Пер. с англ. / Р. Досон, Д. Эллиот, У. Эллиот, К. Джонс. – М. : Мир, 1991. – 544 с.
49. Степанов В.М. Молекулярная биология. Структура и функции белков. Изд-во МГУ, 2005. 336 с.
50. Транскрипция и трансляция. Методы / Под ред. Б. Хеймса и С. Хиггинса. - М. : Мир, 1987. - 400 с.
51. Уилсон Дж. Молекулярная биология клетки. Сборник задач / Дж. Уилсон, Т. Хант ; под ред. И. А. Крашенинникова. – М. : Мир, 1994. - 520 с.
52. Хелдт Г.-В. Биохимия растений. Пер. с англ. / Г.-В. Хелдт; Под ред. А. М. Носова, В. В. Чуба. – М. : БИНОМ. Лаборатория знаний, 2011. – 471 с.
53. Чемерис А. В. Секвенирование ДНК / А. В. Чемерис, Э. Д. Ахунов, В. А. Вахитов. - М. : Наука, 1999. - 430 с.
54. Щелкунов С. Н. Генетическая инженерия. Ч.2 / С. Н. Щелкунов. - Новосибирск : Изд. Новосибирского университета, 1997. - 400 с.
55. Эллиот В. Биохимия и молекулярная биология. Пер. с англ. / В. Эллиот, Д. Эллиот ; под ред. А. И. Арчакова, М. П. Кирпичникова, А. Е. Медведева, В. П. Скулачева. - М. : изд-во НИИ Биомедицинской химии РАМН, 2000. – 366 с.